為解決SARS相關感染性醫療廢棄物的清除處理問題，環保署長郝龍斌下午決定親自南下云林與民眾溝通，希望獲得解決，若遇民眾抗爭，也不排除動用公權力，讓廢棄物獲得處理。另外居家隔離者廢棄物也將由環保單位接手處理，由地方環保局派人前往收集居家隔離??者的廢棄物。
據中央社4月29日報導，針對嚴重急性呼吸道症候群（SARS）相關廢棄物的處理問題，負責處理的日友公司在雲林元長的處理遭到民眾圍廠抗爭，環保署長郝龍斌已經要日友繼續處理，並協助排除相關障礙，至於居家隔離住戶所產生的廢棄物收集清理問題，也在召集相關單位研商後，擬妥具體的處理方案。
郝龍斌憂心地方抗拒SARS相關廢棄物，可能造成防疫工作障礙，仍指定日友公司繼續處理和平醫院廢棄物，但元長鄉民眾仍在當地搭棚抗爭，因此他決定在今天下午親自南下，當面與民眾溝通，說明政府妥善處理醫療廢棄物的過程，希望民眾不要有不必要的恐慌心理。
但環保署也表示，如果民眾有非理性抗爭行為，將不排除動用公權力，強制執行廢棄物進場處理。
為因應SARS疫情擴大，居家隔離者人數大增，相關廢棄物處理問題急需解決，環保署成立專案小組，並立即召開研商會議，並獲得具體結論和處理方案。
環保署指出，雖然居家隔離住戶產生的廢棄物，依目前法規仍屬於一般廢棄物，但基於防疫考量，決定參考感染性事業廢棄物的清理規定，採取高規格標準貯存清除處理，但由於基層衛生人員人手不足，環保署決定接手，即日起由環保單位人員負責前往收集。
環保署並參考台北市環保局建議，訂定標準作業程序，包括防疫措施及消毒作業，將要求各單位確實辦理，但是對於部分偏遠地區少量的居家隔離住戶廢棄物，目前仍暫由衛生單位人員收集。
為了協助清潔隊人員了解應遵循的作業程序及防疫、防護的注意事項，環保署環境訓練所將在??本周立即辦理人員講習訓練，各地方清潔隊人員所需防護裝備，請衛生單位協調調度。另外，針對目前居家隔離人數較多的縣市，疾病管制局立即調度提供合格防護口罩，供清潔隊人員使用，包括台北市、台北縣各五百份、桃園縣、基隆市各二百份。
